菌落计数仪可进行样品的自动接种和自动菌落计数，计数结果更高效、可追溯性强。菌落总数的测定主要是作为判定食品被细菌污染程度的标志，也可以应用这一方法观察食品中细菌的性质以及细菌在食品中繁殖的动态，以便对被检样品进行卫生学评价时提供科学依据。
目前，菌落计数一般采用的是平板菌落计数法，是种统计物品含菌数的有效方法。
菌落计数仪将待测样品经适当稀释之后，其中的微生物充分分散成单个细胞，取一定量的稀释样液涂布到平板上，经过培养，由每个单细胞生长繁殖而形成肉眼可见的菌落，即一个单菌落应代表原样品中的一个单细胞；统计菌落数，根据其稀释倍数和取样接种量即可换算出样品中的含菌数。
在常规的微生物学实验中，不管是食品卫生细菌学检测，还是药品微生物限度检查，还是研究活性物质的抑菌性能实验，都常常需要对样品中的微生物进行定量或者浓度计算；众多微生物定量方法中常用的就是对培养后的皮氏培养皿上所生长菌落进行总数统计的菌落总数统计定量方法。
菌落总数作为微生物检测中最常见的项目，在检验的每一个环节都应该小心谨慎，精准操作，确保检测结果的准确度。该仪器为微生物实验室用户量身定做，可以在短时间内快准稳地完成大量堆叠平板中的菌落总数的检测，可自动计数样品中的菌落，解决手动计数存在的错记漏记、无存档记录等问题，减少操作人员的疲劳切实提高工作效率。
